পরে উন্নত চিকিৎসার জন্য তাকে  ঢাকা মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতালে ভর্তি করা হয়। একপর্যায়ে সংকটাপন্ন অবস্থায় হাসপাতালের আইসিইউতে নেয়া হয়। ২০শে ফেব্রুয়ারি শনিবার রাতে চিকিৎসাধীন অবস্থায় তার মৃত্যু হয়। ২৩শে ফেব্রুয়ারি সকালে অজ্ঞাতনামা ব্যক্তিদের আসামি করে নিহতের বাবা নুরুল হুদা ওরফে নোয়াব আলী মাস্টার বাদী হয়ে কোম্পানীগঞ্জ থানায় এ মামলা দায়ের করেন। মামলাটি পিবিআইকে তদন্তের দায়িত্ব দেয়া হয়। মামলাটির তদন্তকারী কর্মকর্তা মোস্তাফিজুর রহমান বলেন, স্থানীয় ফয়সাল ও মঞ্জুকে ধরতে পারলে আলোচিত মামলার মোটিভ উদঘাটিত হবে। এদিকে সাংবাদিক মুজাক্কিরের খুনিদের গ্রেপ্তারের দাবিতে ১লা মার্চ থেকে নোয়াখালীতে আন্দোলন শুরুর আল্টিমেটাম দেয়া হয়েছে। গতকাল মুজাক্কিরের কবর জিয়ারত করে এ ঘোষণা দেন বাংলাদেশ মফস্বল সাংবাদিক ফোরাম (বিএমএসএফ) কেন্দ্রীয় নেতৃবৃন্দ। এসময় দেশব্যাপী সকল জেলা-উপজেলায় কলমবিরতি পালনের জন্য বিএমএসএফের কেন্দ্রীয় কমিটির পক্ষ থেকে সকল সাংবাদিক ও সংগঠনসমূহকে আহবান জানানো হয়েছে। এর আগে একই দাবিতে বিএমএসএফের ডাকে দেশব্যাপী প্রতিবাদ সমাবেশ পালন করে। ১লা মার্চ সকালে নোয়াখালী প্রেসক্লাব থেকে কালো পতাকার মিছিল সমাবেশ ও স্মারকলিপি দেয়ার কর্মসূচি পালন করা হবে।